ผู้โดยสารรถไฟใต้ดินที่รออยู่ในสถานีใกล้กับอุโมงค์ที่ไหลอยู่ใต้แม่น้ำของเมืองจะต้องเผชิญกับมลพิษที่เป็นอันตรายในระดับที่สูงกว่าที่พบในสถานีอื่นๆ "ผลกระทบจากอุโมงค์แม่น้ำ" ตามที่นักวิจัยเรียก อาจช่วยอธิบายคุณภาพอากาศที่ต่ำมากในระบบขนส่งใต้ดินที่ใหญ่ที่สุดของประเทศ และมีผลโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับสถานีที่อยู่ใกล้กับแม่น้ำโดยทั่วไปในการตรวจสอบรถไฟใต้ดินของนิวยอร์กก่อนหน้านี้ นักวิจัยจาก NYU Grossman School of Medicine พบความแปรปรวนของคุณภาพอากาศในสถานี รถไฟใต้ดิน ในเมือง ในขณะที่บางแห่งมีระดับมลพิษสูงกว่าอากาศภายนอก 2-3 เท่า คุณภาพอากาศในบางแห่งเทียบได้กับอากาศที่มีเขม่าปนเปื้อนจากไฟป่าหรือการรื้อถอนอาคาร