มีปัญหากับการกำหนดแคลอรี่ประเภทนี้ อาหารอาจมีส่วนประกอบต่างๆ เช่น ไฟเบอร์ที่จะเผาผลาญแคลอรีมิเตอร์แต่ไม่ถูกดูดซึมเข้าสู่กระแสเลือด ดังนั้นจึงไม่มีแคลอรีร่วมด้วย ทุกวันนี้ ผู้ผลิตใช้ “ระบบทางอ้อมของ Atwater” ในการคำนวณแคลอรี่โดยการเพิ่ม แคลอรี ที่ได้รับจากสารอาหารที่ให้พลังงาน ได้แก่ โปรตีน คาร์โบไฮเดรต ไขมัน และแอลกอฮอล์ เนื่องจากคาร์โบไฮเดรตมีไฟเบอร์บางส่วนที่ร่างกายไม่ย่อยและนำไปใช้ ส่วนประกอบของไฟเบอร์จึงมักถูกลบออกจากคาร์โบไฮเดรตทั้งหมดก่อนที่จะคำนวณแคลอรี